인천 서운동성당 곳곳에는 신앙적 의미가 숨겨져 있다. 성전을 들어서는 문에서부터 숨겨진 의미를 찾아 볼 수 있다. 문에는 마치 두 손으로 무엇인가를 받쳐 든 듯한 모양이 형상화돼 있다. 이는 두 손으로 쳐든 빈 마음의 순수함을 상징적으로 나타내고 있다. 이 같은 문양은 약간 변형된 형태이기는 하지만 돌 제대를 비롯 고해소, 제의실 문, 독서대, 해설대, 주수대, 돌 의자 등에서도 확인할 수 있다.

문을 열고 성전 안으로 들어가면 그곳에는 또 다른 의미가 있다. 독특하게도 중앙 통로에 6개의 씨앗과 빨마 나뭇가지 색상의 문양이 새겨져 있는 것. 여기에는 이집트에서 탈출할 때 이스라엘 백성이 사막에서 내린 누룩 없는 만나와 우리 자신이 누룩이 돼 하느님의 나라를 부풀려야 한다는 상징이 담겨져 있다. 미사를 하기 위해 성전에 들어설 때마다 신자들은 자신이 하느님 나라의 누룩임을 상기할 수 있다. 이어 천장에서도 그 의미를 발견할 수 있다. 성체의 쪼개어진 형상을 표현하고 있는 천장은 예수의 수난과 부활이 깃든 성체를 통한 나눔을 의미한다.

서운동성당에 숨겨진 신앙적 의미의 핵심은 제대라고 해도 과언은 아닐 것이다. 5톤 무게의 돌 제대는 두 손으로 소중한 무엇인가를 받쳐 들고 있는 형태다. 위에 언급한 의미도 있지만, 제대에는 특히 여러 의미가 복합적으로 담겨져 있다. 주님의 식탁으로써 구약과 신약이 만나고, 한 없이 작고 부족한 나의 모습을 두 손에 담겨 있는 샘물을 통해 확인할 수 있다는 의미가 있다고 한다. 그 형태와 색이 각각 달라 여러 장의 대리석을 붙여서 만든 모습 같지만 사실은 영주석 통 대리석을 물갈기와 잔다듬으로 조각한 것이다.

또한 제대 벽면의 청동 십자고상은 구원과 부활의 영광에 이르는 그리스도의 거룩한 모습을 잘 표현해고 있다. 이 십자고상은 바로 옆의 거대한 성작과 그 안에 형상화 된 성령의 비둘기와 어우러져 그리스도의 현존을 나타낸다.