교황 요한 바오로 2세는 10일 동티모르 딜리 교구장으로 노벨평화상 수상자인 카를로스 F씨메네시 벨로 주교와 바우카우 교구장 바실리오 도 나시멘토 주교에게 메시지를 보내 동티모르 가톨릭 신자들의 비극적 상황에 대해 위로의 뜻을 전했다. 교황은 메시지에서 ?시간이 갈수록 더욱 비극적인 소식이 늘어나 깊은 슬픔을 느낀다?며 ?투표를 통해 얻은 희망이 테러에 대한 공포로 변해가는 것은 어떤 것도 누구도 정당화할 수 없는 일?이라고 말했다. 교황은 이어 ?십자가의 수난을 경험한다 할지라도 결국은 십자가의 승리에 도달할 것이라는 희망을 가져달라?며 ?가톨릭교회를 향해 자행되는 폭력에 대해 단호하게 반대하며 사악한 행위를 저지르는 모든 이들은 하루빨리 자신들의 살해 행위와 파괴를 포기하라?고 강조했다. 인도네시아 주교단은 12일을 ?희생자들을 위한 기도의 날?로 정해 전세계의 가톨릭 신자들이 이번 사태로 희생된 이들을 위해 기도해 줄 것을 요청했다.
인도네시아 주교회의 의장인 마나도교구장 수와탄 주교는 국제사회에 보내는 메시지를 통해 ?조직적 학살과 강제 이주?를 비난하고 ?신부와 수녀들을 포함한 수백명의 동티모르인들이 살해됐고 수많은 사람들이 집을 떠났다?고 말했다.