교황 요한 바오로 2세의 홍콩 방문에 대한 중국 정부의 거부는 「종교의 자유」를 억압하는 것으로 평가받고 있다.
교황청 인류복음화성 산하 통신사인 피데스는 최근호에서 중국이 교황의 홍콩 방문에 대해 부정적인 의사를 표시한 것은 교황청과 대만의 외교 관계보다는 중국 내 종교의 자유에 대한 목소리가 높아질 것을 우려하기 때문이라고 평가했다. 피데스는 중국 외교부 관계자가 교황의 홍콩 방문이 부적절하다고 대답한 것과 관련 교황청과 대만의 외교관계는 단지 명분에 불과하며 근본 원인은 종교 자유 문제라고 지적했다. 피데스는 특히 중국 정부가 교황이 중국 지하교회 신부들과 함께 미사를 공동 집전하는 사태가 발생할 것을 우려하고 있다고 말했다.
피데스는 중국이 이같은 우려에 따라 교황이 중국을 방문한다면 일체의 순방 일정과 행사 계획을 정부가 관리하고 교황의 강론 원고까지도 사전 검열해야 한다고 주장해 교황청이 이를 거절했다고 전했다. 지난 1949년 이래 교황청과 중국간에는 공식 외교관계가 단절돼왔다. 중국 교회는 교황을 인정하지 않는 애국회와 교황을 따르는 지하교회로 양분돼 있어 정부는 끊임없이 지하교회를 탄압해왔다. 만약 교황이 방문해 지하교회 성직자들과 함께 미사를 집전한다면 이는 중국 지도부 입장에서는 매우 심각한 문제가 아닐 수 없다.
한편 중국 정부의 거부는 홍콩의 종교 자유를 억압하는 것이라는 지적도 제기됐다. 중국과 영국은 지난 1997년 홍콩 기본법에 서명했는데 이에 따르면 적어도 50년 동안은 홍콩의 종교 자유를 보장해야 한다고 규정돼 있다.