교황 요한 바오로 2세는 나토 공습으로 격화된 발칸지역의 상황과 관련해 코소보 분쟁은 전 유럽에 상처를 남기고 있다 며 평화 정착을 위한 모든 노력이 동원돼야 하고 모두가 자신의 땅에서 형제애적 사랑으로 살아갈 수 있어야 한다 고 호소했다.
교황은 3월 27일 오전 300여명의 유럽의회 위원들과 만난 자리에서 폭력에 대해 폭력으로 대답하는 것은 결코 위기에서 벗어나는 길이 될 수 없다 며 협상을 통해 서로 다른 민족과 문화 등이 서로를 존중하는 평화 협정으로 이어질 수 있도록 무기를 버리고 폭력 행위를 포기해야만 한다 고 강조했다.
교황은 이에 앞서 28일 주님 수난 성지 주일 미사 후 성 베드로 대성당에서 가진 삼종기도에서 이 성지 가지들이 그토록 염원하는 발칸지역의 평화의 상징이 되길 기도한다 며 이제 평화의 때가 왔으며 서로 만나 협상을 하기에 결코 늦은 것이 아니다 라고 말했다. 한편 교황 요한 바오로 2세는 3월 25일 저녁 나토의 공습으로 고조된 유고슬라비아 사태와 관련해 될 수 있는대로 조속한 시일내에 무기들이 침묵하길 간절히 희망한다 며 정의롭고 지속적인 평화가 정착될 수 있도록 관련 당사자들의 대화와 협상이 재개되길 바란다 고 말했다.
교황은 이에 앞서 24일 공습이 시작되기 몇시간 전 오늘날 유럽과 코소보에 긴급하게 필요한 평화의 은총을 자비로우신 하느님께서 내려주시도록 특별기도를 바치자 고 말했다.
24일 공습 직후 요아킨 나바로발스 교황청 대변인은 무력 사용은 항상 인류애의 패배이며 결국 희생자와 증오심밖에 남는 것이 없다 고 지적하고 교황 비오 12세의 말을 빌어 평화로는 아무것도 잃지 않으나 전쟁은 모든 것을 빼앗아간다 고 말했다.