동티모르 유혈사태는 주민의 대다수를 차지하는 가톨릭계 분리 독립주의자들과 세계 최대의 회교국인 인도네시아의 배후 지원을 받는 소수 회교 통합주의자간의 충돌에서 빚어졌다.
포르투갈의 식민역사를 배경으로 동티모르는 주민의 90가 가톨릭 신자며 가톨릭 신앙은 민족주의 저항운동을 지속시키는 원동력이 되고 있다. 그리고 96년 노벨 평화상 수상자인 카를로스 필리페 벨로 주교는 주민들의 절대적인 지지를 받으며 정신적 지주 역할을 하고 있다.

1975년 인도네시아의 침공으로 강제 합병된 동티모르에서는 75년 12월부터 두달 사이에 주민 6만여명이 학살됐고 이후 20년 동안 계속된 무장투쟁과 내전으로 20만여명이 희생됐다. 전주민의 25가량이 학살당한 것이다.
인도네시아 정부는 동티모르의 경제적 사회적 기반을 무너뜨리기 위해 주민 재배치 정책과 가톨릭 신자에 대한 탄압정책을 펴며 철저한 이슬람화를 수행해왔다. 이런 배경 때문에 현재 민병대의 야만적 폭력은 가톨릭 신자들과 시설에 집중되어 있으며 심지어 양측의 대화와 화해를 위해 힘써온 성직자들까지 공격대상이 되고 있다.