나토의 유고 공습과 관련해 미국과 유럽 가톨릭 교회들은 그 정당성 여부에 대해 의견이 분분한 것으로 나타났다. 미국 주교회의 의장인 갈베스톤-휴스턴 교구장 피오렌자 주교는 나토 공습이 『도덕적 정치적으로 쉽게 동의할 수 없는 측면을 지녔다』고 지적하면서 무고한 시민들을 유고 당국의 폭력에서 보호하려는 인도주의적 목적은 정당한 것으로 평가했다.
필라델피아 베빌라콰 추기경은 국제 사회의 개입이 코소보 평화에 필요하다고 동의하면서도 『군사적 공격은 받아들일 수 있는 해결책이 아니다』라고 지적했다. 미국 남녀수도회 장상협의회는 별도 성명을 발표해 밀로셰비치 대통령을 『자국의 소수인종을 잔인하게 탄압하는 야만적 행위를 한 지도자』라고 규정했지만 『대규모 폭격은 더 많은 폭력을 야기할 수 있는 맹목적이고 비이성적인 행위』라고 지적했다. 독일 주교회의 의장인 마인츠교구 칼 레만 주교도 『나토의 임무는 알바니아인들의 학살을 막기 위한 인도주의적 목적을 갖고 있다』라며 『이 목적을 위해 또다시 폭력을 사용하는 것은 많은 의문점을 남긴다』고 말했다. 영국 교회의 국제문제 담당자인 데이빗 콘스탄트 주교는 『군사력의 사용은 단지 인권에 대한 뿌리깊고 조직적인 침해가 있을 때 최후의 수단으로 선택하는 방법』이라고 전제하고 『코소보에서는 이러한 인권 침해 행위가 분명히 발생했다』고 말했다.
유고슬라비아 벨그라드의 프랑크 페르코 대주교는 3월 25일 이탈리아의 한 교구신문과 가진 인터뷰에서 『군사력의 개입이 없이 해결책이 있다면 더할 나위 없을 것』이라며 『가장 큰 책임은 유고슬라비아 정부 특히 어떤 희생을 치르더라도 권좌를 유지하려는 밀로셰비치 대통령의 욕심』이라고 비난했다. 러시아에서는 가톨릭 러시아 정교와 개신교를 포함한 그리스도교 제종파 자문위원회 명의로 성명을 발표해 『이번 공습은 국가간 외교관계의 원칙 자체를 위협하는 매우 위험스러운 행위였다』고 부정적인 견해를 밝혔다.